Il y a neuf défis sur lesquels se concentrer lors de l’incorporation de probiotiques dans les matrices alimentaires. Ce sont: 1. sélection des souches, 2. production de souches, 3. comment inoculer les aliments, 4. comment assurer la survie pendant le traitement, 5. comment éviter la perte de viabilité pendant le stockage, 6. comment calculer le nombre de colonies [probiotiques], 7. Effets sur les propriétés sensorielles des aliments, 8. [Préservation du produit] stabilité dans les foyers des consommateurs, 9. Et jouer un rôle dans le tractus gastro-intestinal.
Plus précisément, dans les jus, les acides organiques amènent souvent le pH du produit en dessous de 4, ce qui inhibera la survie des probiotiques. Lors de la sélection, les probiotiques qui tolèrent un pH bas doivent être pris en compte, tels que Lactobacillus sur Bifidobacterium.